IMAPで削除するとサーバーからも消える？POPとの違い

はい、メールを削除した場合は、IMAPではサーバーから削除され、接続しているすべてのアプリからも消えます。メールの本体はサーバー上の1通だけで、各アプリはそれを操作しています。そのため、メールを読んだりダウンロードしたりしても何も消えませんが、1つのアプリで削除すれば、すべてのアプリで削除されます。ほとんどのアプリは、まずメールを「ゴミ箱」フォルダに移すため、そこからまだ元に戻せます。Gmailでは通常、代わりにAll Mail（すべてのメール）へアーカイブされます。POP3の仕組みは異なり、メールを1台のデバイスにダウンロードし、設定によってはサーバー側のコピーを削除することがあります。お持ちのドメインのエイリアス宛てのメールを、何も削除できないアプリで読みたいなら、CatchNoneが、iPhone、iPad、Macで、そのメールボックスをIMAPまたはJMAPで読み取り専用として読み込みます。サーバー上のメッセージにマークを付けたり、移動したり、削除したりすることは一切ありません。

IMAPでメールを削除すると、すべてのアプリでサーバーから削除される？

はい。ただし通常は、完全に消えるのではなく、まず「ゴミ箱」に移ります。現行のIMAP（Internet Message Access Protocol）の標準であるRFC 9051は、IMAPを「リモートのメッセージフォルダ」をローカルのフォルダと同じように扱うための方法として説明しています。IMAPのアプリも、メッセージをダウンロードはします。スマートフォン、ノートパソコン、ウェブメールは、表示の高速化やオフラインでの閲覧のために、それぞれコピーをキャッシュすることがあります。ただし、そうしたコピーはサーバーの内容に従います。メッセージがサーバーから消えれば、次の同期ですべてのアプリから消えます。

削除は2段階：フラグを付けてから、expungeで消去

アプリがメッセージに\Deletedフラグを付けます。削除の印が付いただけで、メッセージはまだ残っています。
EXPUNGEコマンド、またはCLOSEでフォルダを閉じる操作によって、そのフォルダでフラグの付いたメッセージがすべて完全に削除されます。

2段階目の前であれば、フラグを外せばメッセージは元に戻ります。古いデスクトップアプリでは、この状態が目に見えました。MicrosoftのOutlook 2010のヘルプによると、削除の印が付いたIMAPのメッセージは、消去（purge）されるまで取り消し線付きで表示されます。消去されると、「IMAPメールサーバーから削除され、復元できなくなります」。

「削除」は、たいてい「ゴミ箱に移動」のこと

現在のほとんどのアプリは、削除したメッセージを代わりにサーバー上の「ゴミ箱」フォルダへ移します。IMAPの用語では、通常はMOVEです。コピー、\Deletedフラグ、expungeを1つの操作で行います。どのデバイスからもメッセージは「ゴミ箱」にあるように見え、完全に消えるのは、自分で、またはアプリやメールサービスが「ゴミ箱」を空にしたときだけです。2026年9月時点で、Gmailは「ゴミ箱」のメールを30日後に完全に削除します。AppleのiPhoneの「メール」ガイドにも、iPhoneの設定にかかわらず、iCloudは削除したメッセージを30日より長くは保存しないと書かれています。

Gmail：フォルダではなくラベル

Gmailは、ラベルをIMAPアプリにフォルダとして見せます。「すべてのメール」「迷惑メール」「ゴミ箱」などのシステムフォルダは、[Gmail]の下にあります。ラベルのフォルダから削除しても、通常はそのラベルが外れるだけです。GoogleのIMAP設定のガイドには、「IMAPフォルダから削除したメッセージは、Gmailの『すべてのメール』ラベルで確認できます」とあります。また、アプリの削除済みメッセージの保存先をGmailの「ゴミ箱」にしないよう注意を促しています。そうすると、メッセージは「30日後にGmailから完全に削除されます」。Gmail自体のサーバー側の削除設定は、下の表にまとめています。

OutlookではIMAPのメールがサーバーから削除される？

はい。OutlookをIMAPで接続している場合、ほかのアプリと同じようにサーバー上のメールを操作するため、Outlookで削除すればすべてのデバイスに反映されます。一部の古いバージョンでは、前述のとおり、メッセージがまず取り消し線付きで表示されます。メールボックスがOutlook.comまたはHotmailの場合、IMAPサーバーはポート993のoutlook.office365.comで、Microsoftは先進認証（OAuth2）によるサインインを必須にしています。2024年9月16日以降、ユーザー名とパスワードだけを送るアプリは、Outlook.comとHotmailのアカウントでは使えなくなりました。

主なアプリで削除したメールの行き先

アプリ	確認する場所	選べる内容
iPhoneの「メール」（iOS 27）	「設定」＞「アプリ」＞「メール」＞Mail Accounts（メールアカウント）＞対象のアカウント＞Account Settings（アカウント設定）＞Advanced（詳細）。iCloudの場合は、Mail Accounts（メールアカウント）＞「iCloud」＞Mailbox Behaviors（メールボックスの特性）	Move Discarded Messages Into（不要なメッセージの移動先）：Deleted Mailbox（削除済みメールボックス）またはArchive Mailbox（アーカイブメールボックス）。Remove（削除）：削除したメッセージを保存する期間
Macの「メール」（macOS 27）	「メール」＞「設定」＞Accounts（アカウント）＞Mailbox Behaviors（メールボックスの特性）	Trash Mailbox（ゴミ箱メールボックス）：サーバー上のメールボックス、On My Mac（このMac内）のメールボックス、またはNone（なし）。ほかにErase deleted messages（削除したメッセージを消去）
Thunderbird（デスクトップ版、2026年9月時点の最新バージョン）	Account Settings（アカウント設定）＞対象のアカウント＞Server Settings（サーバー設定）	When I delete a message（メッセージを削除したとき）：Move it to this folder（このフォルダーに移動する）、Just mark it as deleted（削除済みのマークを付ける）、Remove it immediately（すぐに削除する）。ほかにClean up (“Expunge”) Inbox on Exit（終了時に受信トレイから完全消去する）とEmpty Trash on Exit（終了時にゴミ箱を空にする）
Gmail（ウェブ版の設定）	「設定」＞「すべての設定を表示」＞Forwarding and POP/IMAP（メール転送とPOP/IMAP）	すぐにexpungeするかどうか、expungeしたメールをアーカイブするか、「ゴミ箱」に移すか、完全に削除するか

「ゴミ箱」を経由しない選択肢もあります。MacのNone（なし）、ThunderbirdのRemove it immediately（すぐに削除する）、Gmailの完全に削除する設定です。Gmail以外では、ThunderbirdのJust mark it as deleted（削除済みのマークを付ける）も同じです。フォルダがexpungeされるまでメッセージにはフラグが付いたままで、expungeされると消えます。Thunderbirdの初期設定は「ゴミ箱」ですが、Gmailのアカウントについては、GoogleはJust mark it as deletedを選び、2つの「on Exit」（終了時）のチェックボックスをどちらもオフにするよう勧めています。最終的に決めるのはメールサービスです。AppleのMacのガイドには、サーバーが古いメッセージを削除するように設定されている場合、「このオプションをどのように変更しても」削除されると書かれています。

別のアプリでメールを読むと、どこでも既読になる？

IMAPなら、はい。既読かどうかはサーバーに保存される\Seenフラグで決まるため、削除と同じように同期されます。BODY[]を取得してメッセージをダウンロードするアプリは、そのメッセージを既読にします。BODY.PEEK[]で取得するアプリは状態をそのままにし、メッセージを開いたときに自分で\Seenを付けることができます。

後述する新しいプロトコルのJMAPも、同じように既読状態を同期します。POP3には既読状態という仕組みがまったくないため、デバイスごとに別々に管理されます。例外はGmailで、POPの設定によっては、別のアプリがダウンロードしたときにGmail側のメールを既読にできます。

IMAPとPOP3の違い：サーバーにメールが残るのはどっち？

IMAPは、そもそもメールをサーバーに残す設計です。POP3（Post Office Protocol version 3。通常は単にPOPと呼ばれます。RFC 1939）は、逆の目的で作られました。「通常、メールはダウンロードされてから削除される」というものです。

	IMAP	POP3
メールの保存場所	サーバー上。アプリはコピーを持つ	ダウンロードしたデバイス上。サーバー上のコピーは、設定次第で残るか消える
複数のデバイス	すべてが同じ状態に保たれる	それぞれが個別にダウンロードする
既読・未読	同期される	同期されない
フォルダ	サーバー上のフォルダで、どのアプリからも見える	サーバー上にあるのは受信ボックスだけで、ほかのフォルダはローカル
削除したときの動作	すべてのアプリについてサーバー上で削除される（通常は「ゴミ箱」を経由）	手元のコピーが削除される。サーバー上のコピーが消えるのは、アプリがそう設定されている場合だけ
標準のポート	993（TLS）または143（平文で接続後、`STARTTLS`）	995（TLS）または110（平文で接続後、`STLS`）

POPの削除も2段階です。DELEコマンドはメッセージに印を付けるだけで、サーバーが実際に削除するのは、アプリがQUITでセッションを終えたときです。「サーバーにメッセージを残す」はアプリ側の設定です。標準はこれをIMAPの機能の「弱いバージョン」と呼んでおり、サーバーがそれに従わない場合もあります。サーバー上のコピーがどうなるかは、アプリとメールサービスによって異なります。

Thunderbird：Thunderbirdのアカウント設定ウィザードで作成した新しいPOPアカウントは、初期設定ではメールを最長14日間サーバーに残します。また、手元でメッセージを削除すると、サーバー上のコピーも削除されます。
Gmail：POPの設定では、Keep Gmail’s copy in the Inbox（Gmailのメールを受信トレイに残す）、Mark Gmail’s copy as read（Gmailのメールを既読にする）、Archive Gmail’s copy（Gmailのメールをアーカイブする）、Delete Gmail’s copy（Gmailのメールを削除する）から選べます。
Yahoo：POPアクセスは「メールのコピーをダウンロードするため、元のメールに影響を与えずに、アプリでメールを移動したり削除したりできます」と説明されています。

IMAPとPOPのどっちがいいか迷ったら、特に理由がない限りIMAPを使ってください。POPが向いているのは、1台のコンピュータにだけメールを保存したい場合です。たとえば、古いアカウントを閉じる前にそのメールをダウンロードしておく場合で、そのコンピュータがバックアップされていることが前提です。

アプリがどちらを使っているかわからない場合は、アカウントのサーバー設定を確認してください。ポートが993か143ならIMAP、995か110ならPOPです。ExchangeとMicrosoft Graphは、どちらとも別の、Microsoft独自のプロトコルです。

IMAPやPOP3に対応しているメールサービス

サーバー名とポート（2026年9月時点）：

メールサービス	IMAP	POP3	知っておきたいこと	CatchNoneでの読み込み
Gmail	`imap.gmail.com`、ポート993	`pop.gmail.com`、ポート995	IMAPは常にオン。Googleは「アプリパスワード」より、Sign in with Google（Googleでログイン）を推奨	可（「アプリパスワード」を使用）
Outlook.com、Hotmail	`outlook.office365.com`、ポート993	同じサーバー、ポート995。Let devices and apps use POP（デバイスとアプリでPOPを使用できるようにする）をオンにするまでは無効	OAuthでのサインインが必須	不可（OAuthのみ）
Yahoo Mail	`imap.mail.yahoo.com`、ポート993	`pop.mail.yahoo.com`、ポート995	IMAPにはアプリパスワードが必要	可（アプリパスワードを使用）
iCloudメール	`imap.mail.me.com`、ポート993	提供なし	「アプリ用パスワード」が必要	可（「アプリ用パスワード」を使用）
Fastmail	`imap.fastmail.com`、ポート993	`pop.fastmail.com`、ポート995	Basicプランでは使えない（他社製アプリ、アプリパスワード、APIトークンが使えない）。JMAPにも対応。IMAPでもPOPでも`STARTTLS`は非対応	可（IMAPまたはJMAP。Basicは除く）
Proton Mail	Proton Mail Bridge経由のみ	提供なし	Bridgeには有料プランが必要	不可

読み取り専用のIMAPアクセスとは

読み取り専用のIMAPアクセスとは、アプリがSELECTではなくEXAMINEでフォルダを開き、BODY[]ではなくBODY.PEEK[]でメッセージをダウンロードすることです。メールボックスの中身は何も変わりません。既読になることも、フラグが付くことも、移動や削除もされません。こうしたコマンドだけを使うアプリが、読み取り専用のメールクライアントです。

違いはサーバーの応答に表れます。次の2つのやり取りは、RFC 9051に載っている例です（C:がアプリ、S:がサーバーで、blurdybloopは標準で使われているサンプルのフォルダ名です）。

C: A142 SELECT INBOX
S: * 172 EXISTS
S: * OK [UIDVALIDITY 3857529045] UIDs valid
S: * OK [UIDNEXT 4392] Predicted next UID
S: * FLAGS (\Answered \Flagged \Deleted \Seen \Draft)
S: * OK [PERMANENTFLAGS (\Deleted \Seen \*)] Limited
S: * LIST () "/" INBOX
S: A142 OK [READ-WRITE] SELECT completed

C: A932 EXAMINE blurdybloop
S: * 17 EXISTS
S: * OK [UIDVALIDITY 3857529045] UIDs valid
S: * OK [UIDNEXT 4392] Predicted next UID
S: * LIST () "/" blurdybloop
S: * FLAGS (\Answered \Flagged \Deleted \Seen \Draft)
S: * OK [PERMANENTFLAGS ()] No permanent flags permitted
S: A932 OK [READ-ONLY] EXAMINE completed

それぞれの応答の最終行が、フォルダがどう開かれたかを示しています。[READ-WRITE]か[READ-ONLY]です。PERMANENTFLAGSは、アプリが恒久的に変更できるフラグの一覧です。この例では、SELECTのあとは\Deleted、\Seenと新しいキーワード（\*）で、EXAMINEのあとは何もありません。EXAMINEで開いたフォルダについて、標準は「ユーザーごとの状態を含め、メールボックスの恒久的な状態の変更」を一切認めておらず、フォルダを閉じても何もexpungeされません。

操作	通常のメールアプリ	読み取り専用のアプリ
フォルダを開く	`SELECT`	`EXAMINE`
メッセージをダウンロードする	`BODY[]`、または`BODY.PEEK[]`で取得し、開いたときに`\Seen`フラグを付ける	`BODY.PEEK[]`のみ。何も既読にならない
削除	`\Deleted`フラグと`EXPUNGE`、または「ゴミ箱」への`MOVE`	`EXAMINE`で開いたフォルダでは許可されない

サーバーは読み取り専用を強制する？

IMAPで自分のメールボックスに接続する場合、強制されるのはアプリがそれを求めたときだけです。EXAMINEのあと、サーバーはそのセッションの間、そのフォルダを読み取り専用に保ちます。それ以外はすべてアプリ次第です。

同じログインで、いつでも代わりにSELECTを送れます。
EXAMINEの対象は1つのフォルダです。DELETE（フォルダ全体の削除）、RENAME、APPENDといったアカウント単位のコマンドは、引き続き使えます。
BODY.PEEK[]を使うかどうかは、完全にアプリの選択です。

サーバーがアクセス権（RFC 4314）によって読み取り専用を課すこともできますが、これは共有メールボックスや委任されたメールボックスで使われる仕組みです。Gmail、Outlook.com、iCloud、Fastmailはいずれも、自分のメールボックスに読み取り専用でIMAPログインする方法を案内していません。いちばん近いのは、後述するFastmailの読み取り専用のJMAPトークンです。

パスワードやサインインで許可されること

アプリに渡すもの	許可される範囲
自分のパスワード、またはGoogle、Apple、Fastmailのアプリパスワード	メールへのフルアクセス：読む、マークを付ける、移動する、削除する
Sign in with Google（Googleでログイン）	Googleは、IMAP用の唯一の権限を「Gmailのすべてのメールの閲覧、作成、送信、完全な削除」と説明しています
Sign in with Microsoft（Microsoftでサインイン）	MicrosoftのIMAP用の権限は「IMAP経由でのメールボックスへの読み取りおよび書き込みアクセス」です
Read-only access（読み取り専用アクセス）とEmail（メール）を選んだFastmailのJMAP APIトークン	「データのダウンロードと閲覧はできますが、データを変更することはできません」

Fastmailでは、アプリパスワードをデータの種類ごとに制限できますが、読み取り専用のオプションは案内されていません。Googleの読み取り専用の権限は、Google独自のGmail API向けにしかなく、IMAPでは使えません。つまり、アプリが読み取り専用だと言うとき、信頼しているのはパスワードではなくアプリです。

新しいメールアプリを安全に試す方法

POPではなく、IMAP（またはJMAP）を選ぶ。POPのアプリは、ダウンロードするときにサーバーからメールを消してしまうことがあります。IMAPのアプリはメールをそのまま残しますが、削除は同期されます（手順4）。
メールサービスとアプリが対応していれば、読み取り専用のトークンを使う。これが使えるのは、JMAPで接続するアプリだけです。Fastmailでは、Settings（設定）＞Privacy & Security（プライバシーとセキュリティ）＞Connected apps & API tokens（連携アプリとAPIトークン）＞Manage API tokens（APIトークンを管理）＞New API token（新しいAPIトークン）の順に進みます。JMAPを選び、Read-only access（読み取り専用アクセス）とEmail（メール）だけを選択してください（FastmailのAPIトークンのガイド）。Fastmailのガイドで、トークンの作成手順を説明しています。2026年9月時点で、FastmailのBasicプランではAPIトークンを使えません。
それ以外の場合は、そのアプリ専用のアプリパスワードを作る。そうすれば、あとでそのパスワードだけを取り消せて、ほかのアプリには影響しません。iCloudの場合は、account.apple.comで「サインインとセキュリティ」＞「アプリ用パスワード」と進んで作成します。手順はiCloudのアプリ用パスワードのガイドで説明しています。Gmailでは「2 段階認証プロセス」が必要で、アプリが対応していれば、Googleは「Googleでログイン」を推奨しています。GmailのアプリパスワードとIMAP設定を参照してください。
アカウントを追加したらすぐ、何かを削除する前に、削除の設定を確認する。上の表を参考に、「ゴミ箱」かアーカイブを選んでください（Gmailでは「ゴミ箱」ではなく、前述のGoogleの推奨に従います）。そのアプリを信頼できるまでは、None（なし）、Remove it immediately（すぐに削除する）、そしてGmail以外ではJust mark it as deleted（削除済みのマークを付ける）を避けてください。
不要なメッセージで試す。自分宛てに1通送り、新しいアプリで開いて、いつものアプリで既読になるかどうかを確認します。次に、新しいアプリでそのメッセージを削除し、どこに移るかを確認します。
アプリを使わなくなったら、パスワードを取り消す。Appleのアプリ用パスワードのページで、Remove（削除）とRevoke All（すべてを取り消す）について説明しています。Googleのアプリパスワードは、ヘルプページにあるとおり、myaccount.google.com/apppasswordsで管理します。

JMAPとは：IMAPとの違いを簡単に

JMAP（JSON Meta Application Protocol）は、同じ役割を持つ新しいメールのプロトコルです。2019年にRFC 8620とRFC 8621として公開され、Fastmailのエンジニアが筆頭著者を務めました。IMAPのテキストコマンドではなく、HTTPS上でJSONをやり取りし、すべてのリクエストでTLS 1.2以降を使う必要があります。IETFの紹介記事は、IMAPを「リソースを大量に消費する」と表現し、モバイルネットワークには向かないとしています。

削除と既読状態については、おなじみの仕組みです。

1通のメールが、複数のメールボックスに同時に入ることができます。Gmailのラベルによく似ています。
削除は通常、「ゴミ箱」の役割を持つメールボックスに移すことを意味します。メールを「破棄（destroy）」すると、すべてのメールボックスから消えます。
既読状態は$seenキーワードで表します。JMAP版の\Seenです。
サーバーは各アプリに、アカウント全体が読み取り専用かどうかを伝えます。

JMAPは自分に関係があるのでしょうか。関係するのは、メールサービスがJMAPを提供していて、アプリも対応している場合だけです。FastmailはBasicより上のプランでJMAPを提供しています。アプリでは、デスクトップ版のThunderbirdはまだ対応していませんが、2026年9月2日の発表では、開発チームは今後の対応に前向きな見通しを示しています。いずれにしても、削除はIMAPと同じように同期されます。

ポート993のIMAPは安全？STARTTLSとは

通信経路上では、はい。ポート993のIMAPは、最初のバイトから暗号化されています。接続はTLSハンドシェイクから始まり、HTTPSがウェブサイトに提供するのと同じ種類の保護が得られます。これを暗黙的TLS（implicit TLS）と呼びます。ポート143はIMAPの平文用のポートで、アプリはSTARTTLSコマンドで接続を暗号化に切り替えられます。

現在の標準は、ポート993を推奨しています。RFC 8314（2018年）は、メールアプリに対し、TLS 1.2以降を使ったうえで、STARTTLSより暗黙的TLSを使うよう勧めています。RFC 9051は、現行の標準に沿って作られたすべてのサーバーに、暗黙的TLSの提供を求めています。2021年のUSENIX Securityの研究では、メールクライアントとサーバーにSTARTTLSの欠陥が40件以上見つかり、約32万台のサーバー（2%）がコマンドインジェクションを受けうる状態でした。その多くは公表後に修正されましたが、著者らはSTARTTLSは「避けるべきだ」と結論づけています。FastmailはIMAPでもPOPでもSTARTTLSを提供しておらず、GmailとiCloudはポート993での暗号化接続（SSL/TLS）を必須にしています。

TLSが守るのは接続で、保存されたメッセージではありません。また、エンドツーエンド暗号化でもありません。RFC 8314自体もそう述べています。つまり、ポート993が守るのは通信中のパスワードとメールだけで、それ以上ではありません。弱点になるのは、パスワード（二段階認証とアプリパスワードを使ってください）と、渡したアクセス権を各アプリがどう使うかです。

エイリアス用の読み取り専用クライアント：CatchNone

CatchNoneは、まさに上で説明した意味での読み取り専用のクライアントで、お持ちのドメインのメールエイリアスのために作られています。IMAP（暗黙的TLS、初期設定ではポート993）では、受信ボックスだけをEXAMINEで開き、BODY.PEEK[]でダウンロードします。JMAPではアクセストークンを使います。サーバー上の何かにマークを付けたり、移動したり、削除したりすることは一切ないため、この記事で説明した削除のどれも、CatchNoneから起きることはありません。デバイスから直接メールボックスを読み込むため、メールがCatchNoneのサーバーを通ることもありません。

ショップ、メルマガ、アカウントごとに専用のエイリアスを使え、各メッセージには届いたエイリアスがバッジで表示されるので、漏れたアドレスや売られたアドレスがわかります。CatchNoneは、あえて受信専用にしており、登録関係のメールは、メインの受信ボックスとは別の専用のアプリにとどまります。無料プランでは自分のドメインのエイリアスを10個まで使え、Lite・Premiumでは無制限です。ドメインやメールボックスを用意したくない場合は、Premiumで@catchnone.comのアドレスを、設定なしで使えます。

ただし、入力するパスワードやアプリパスワード自体は、フルアクセスを許可します。読み取り専用なのはアプリの動作であって、認証情報が許可する範囲ではありません。POP3、Exchange、STARTTLS、OAuthでのサインインには対応していないため、Outlook.comとHotmailはおそらく接続できません。また、Gmailには「アプリパスワード」が必要です。ドメインのメールは、まずその受信ボックスに届いている必要があります。通常は、キャッチオールに対応したメールサービスでキャッチオールアドレスを使います。迷惑メールに振り分けられたメールや、ルールで移動されたメールは表示されません。iPhone、iPad、Mac向けのCatchNoneをダウンロード。

よくある質問

「サーバーから削除」とはどういう意味？

メールの原本を持っているのはメールサービスのサーバーで、アプリが持っているのはそのコピーです。IMAPでは、削除はすべてサーバー上での削除で、通常は「ゴミ箱」を経由します。POPでは設定次第です。アプリはダウンロード後に、サーバー上のコピーを残すか、削除するかのどちらかです。

間違えてメールを削除しました。元に戻せますか？

たいていは、早めに対処すれば戻せます。ウェブメールかいずれかのアプリで、サーバー上の「ゴミ箱」（または「削除済み」）フォルダを確認してください。Gmailでは「すべてのメール」も確認します。2026年9月時点で、GmailとiCloudが「ゴミ箱」のメールを保存するのは最長30日です。「ゴミ箱」が空になるか、メッセージがexpungeされると、すべてのアプリから消えます。

スマートフォンでメールを削除して、サーバーには残せますか？

IMAPの削除では残せません。すべての場所から消えるためです。代わりにアーカイブしてください。iPhoneでは、Move Discarded Messages Into（不要なメッセージの移動先）でArchive Mailbox（アーカイブメールボックス）を選ぶと、破棄したメッセージは「ゴミ箱」ではなくアーカイブ用のメールボックスに移ります。POPで「サーバーにメッセージを残す」設定にしている場合、手元で削除してもサーバー上のコピーはそのまま残ります。ただし、アプリがサーバー側でも削除するように設定されている場合は別です。現在のThunderbirdの新しいPOPアカウントは、このUntil I delete them（削除するまで）の設定になっています。また、サーバーが独自の方針で古いメールを削除することもあります。

サーバーからメールを削除して、コンピュータにコピーを残せますか？

はい。まず、コンピュータ上に保存されるメールボックスにメールを移します。Macの「メール」では、Mailbox（メールボックス）＞New Mailbox（新規メールボックス）を選び、Location（場所）をOn My Mac（このMac内）にします。Appleによると、こうしたメールボックスはそのMacのローカルに保存されます。ThunderbirdのLocal Folders（ローカルフォルダー）も同じ仕組みです。サーバー上のコピーを削除すると、そのコンピュータにあるものが唯一のコピーになるため、バックアップを取ってください。

アプリからアカウントを削除すると、メールも消えますか？

IMAPなら消えません。AppleのMac用「メール」ガイドによると、アカウントのメッセージはMacから削除されますが、「メッセージのコピーはアカウントのメールサーバー上に残ります」。POPの場合は、先にバックアップを取ってください。アカウントを削除すると、ダウンロードしたメッセージがMacから削除され、残るのはサーバーにまだあるものだけです。